#NEXUS
[Created Tue Jan 11 19:21:28 2005 by SEQUENCE MONKEY ver. 2.9.0]
[SEQUENCE MONKEY concocted by Dan Graf, Ann Arbor, Michigan]

BEGIN DATA;
DIMENSIONS  NTAX=53  NCHAR=1182;
FORMAT  DATATYPE=DNA  SYMBOLS= " 0 1 2 3 4 "  MISSING=?  GAP=-  INTERLEAVE;

MATRIX
[                     THE COI SEQUENCES BEGIN HERE!!!!                              ]

[                     1........|.........|.........|.........|.........|.........|  ]

Mytilus               ????????????????????????????????????????????????????????????
Astarte               ????????????????????????????????????????????????????????????
Neotrigonia           ??????????????????????atggtctggacttattggtttggctttaagattattga
Mut_rostrata          ??????????????????????gtgatctggatttattggattggctttaagattattga
Mut_dubia             ?????tatttattattagcgttgtggtctggttttgttgggttggctttgagtttattaa
Chamb_wahlbergi       ????????????????????????????????????????????????????????????
Asp_rugifera          ????????????????????????????????????????????????????????????
Ano_trigonus          ?????tatatagtgttagctatatggtctggttttgttgggttggctttaagattgttaa
Ano_guanarensis       ?????tatatggtgttggctatgtgatctggttttgttgggttggctttaaggttgttga
Mon_minuana           ?????tatatattgttggctatgtggtctgggtttgttggattagctttaagattattaa
Eth_elliptica         ?????????????????????tgtggtctgggcttgtgggtttgtctttaaggttattgg
Aco_rivoli            ?????tatatagtattagcggtgtggtctgggtttattggtttagggttgaggttgttga
Pse_dalyi             ???????????????????tttgtggtctgggttagtggggctggctataagacttttga
Pse_dalyi_x           ????????????????????????????????????????????????????????????
Hyr_depressa          ctttgtatttattatttgctttgtggtctgggatggttgggcttgcgttaaggttgttga
Hyr_australis         ctttatatttgctgtttgctttgtggtctgggatgattggacttgctttaaggttattaa
Hyr_menziesi_1        ctttgtatttactctttgccttgtggtctgggatgattgggcttgctttgaggctgttga
Hyr_menziesi_2        ?????tatttactctttgccttgtggtctgggatgattgggcttgctttgaggttgttga
Vel_angasi            ?????tacttgttgttagctttgtggtcagggataattggtcttgctttgaggttgttga
Vel_ambiguus          ???taaatttaatgttggctttatggtctgggataattggacttgctttaagattattaa
Lor_rugata            ?????tatttgttgttagccttgtggtcggggatgattgggcttgctttaaggttgctga
Dipl_chilensis        ctttgnatttattgtttgcttgggggaaaggaangattggtcttnctttaagnctgtana
Dipl_deceptus         ?????tatttgttatttgctttgtggtctggaatggttggtcttgctttaaggttgttaa
Castalia              ?????tatttgttgtttgggctgtggtcaggaatggttggtcttgctttaagtttgttga
Mar_margaritifera     ??????????????????????gtggtctggccttattggtttggctttaaggttgttga
Cum_monodonta         ctttgtatttgttattagctttgtggtctggccttattggcttatctttaaggttgttga
Coel_aegyptiaca       ?????tatttattatttgctttgtgatctgggttaattgggttggctttgagacttctta
Coel_aegyptiaca_x     ????????????????????????????????????????????????????????????    
Pilsbry_exilis        ????????????????????????????????????????????????????????????
Pse_vondembusch       ????????????????????????????????????????????????????????????
Con_contradens        cgttatatttgttgtttgctttatggtctggattgattgggttggctttaagccttttga
Gon_angulata          cactgtatttgttgttggctttgtggtctgggttaattgggttagctttgagattgttaa
Trit_verrucosa        ctttatatttgttattagctttatggtctggtctaattgggttggctttgaggcttttga
Qua_quadrula          ctttatatttgttgctggctttgtggtctggtttaattgggttggctttgaggcttttga
Amb_plicata           ctttatatttgttgtnagccttgtgatctggattgattggattggctttaaggcttttaa
Ell_dilatata          ctttatatttgttactggctttgtgatctggtttgattgggttagctttgagtcttttaa
Ple_coccineum         ctttgtatttattattggctttatggtctggtttggttgggttggctttgagtcttttaa
Fus_flava             ?????tatttattgttggctttatgatctggtttgattggattggctctaagtcttttga
Obl_reflexa           ??????????????????????????tctgggttgattgggttggctttgaggcttttga
Obl_reflexa_x         ????????????????????????????????????????????????????????????
Tru_truncata          ctttatacatgttgttggcgttgtgatcaggtttagttggtttggctttaagtcttctga
Act_carinata          ctttatatttattgttggcgttgtggtctggtttaattggtttggctttgagtcttttaa
Ptycho_fasciolaris    ctttgtatttattactagcgttgtggtctggtttggttggtttggctttaaggcttttga
Vill_iris             ctctatatttgttgttagcactatggtctggtttgattggtttggctctgagtcttttga
Lig_recta             ctttatacttactgttggcattgtgatctggtttgattggtttggctttgagtcttttga
Lamp_cardium          ctttatatttgtcgttagcgttgtggtctggtttgattggtttagctttaagtcttttaa
Epi_triquetra         ctttatatttgctgttggctttatgatctggtttaattggtttggctttaagtcttttaa
Las_compressa         ctttgtacttgttattagctttgtggtctggtttaatcgggttggcgttgaggcttttaa
Str_undulatus         ctttatacttattattggctttgtggtctggtttgattgggttagctttgaggcttttga
Pyg_grandis           ctttatatttgttattggcattatggtctggtcttattgggttggccttaaggcttttaa
Ala_marginata         ctttatatttgttgtttgctttgtggtcgggtttaattgggttggctttaagtcttttaa
Unio_pictorum         ctttgtatttgttattagctttgtggtctgggttaattggattagctttaagacttttga
Caf_caffra            ???????????????????????????????gttaattggattagctttaagattattaa

[                     61.......|.........|.........|.........|.........|.........|  ]

Mytilus               ????????????????????????????????????????????????????????????
Astarte               ????????????????????????????????????????????????????????????
Neotrigonia           ttcgtgctgagttgggacaaccaggaagtttattgggtgatgatcaattgtataatgtaa
Mut_rostrata          ttcgtgttgagttagggcagccaggaaggtttttaggggatgatcaattatacaatgtta
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Asp_rugifera          ????????????????????????????????????????????????????????????
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Caf_caffra            gatttgggaattgacttattcctcttataattggcgctcctgatatagcttttcctcggt

[                     241......|.........|.........|.........|.........|.........|  ]

Mytilus               ????????????????????????????????????????????????????????????
Astarte               ????????????????????????????????????????????????????????????
Neotrigonia           taaataacataagattttgattattagtgcctgcattgtttttgttattaagatcttctt
Mut_rostrata          taaataatttaagattttgattattggttcctgcgttgtacttgttgttggcttcctctt
Mut_dubia             tgaataatttaagattttgattattggttcctgccttgtatttgctgttagcttcttctt
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Ano_trigonus          tgaataatttgagattttggttgctagttccggctttatatttacttttaggttcttctt
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Mon_minuana           tgaataacttaagattttggttgctggtgccagctctttatcttcttttgggttcttcat
Eth_elliptica         taaataatttgaggttttgattgttggttccggctttgtatttacttttagggtcttcgt
Aco_rivoli            tgaataatttgagattttggttgttagtgcccgctttgtacttattgttagggtcttctt
Pse_dalyi             tgaacaatctgaggttttggttgctcgtgcctgctttgtttttgttgttaaggtcttctt
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Hyr_depressa          taaataatcttaggttttgattacttgttccggcgttgtttttattgttaagttcttctt
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Coel_aegyptiaca_x     ????????????????????????????????????????????????????????????    
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Con_contradens        ttaacaatttaaggttttgattacttgtgccggctctttttttattgttaaggtcttctc
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Tru_truncata          taaataatttaagtttttgattattggtgccggcattgtttctattattaagttcttctt
Act_carinata          tgaacaacttaagtttttggttattagtgcctgctttatttttactgttgagttcttctt
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Lig_recta             tgaataatttgagtttttggttattagttccagctttgtttttgttgttaagctcttctt
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Str_undulatus         caattttgggtgctattaattttatttctactgttggaaatatgcggtctccaggcttgg
Pyg_grandis           caattttgggtgctattaactttatttccactgctgggaatatacgttctcctggtttgg
Ala_marginata         caattttaggtgctattaactttatttctactgttggaaatatgcgatctcctggtttaa
Unio_pictorum         ctattttgggtgctattaatttcatctctaccgttggaaatatgcgatctcctgggttag
Caf_caffra            ctattttgggtgctattaatttcatctctaccgttgggaatatgcgatctcctggattag

[                     481......|.........|.........|.........|.........|.........|  ]

Mytilus               ????????????????????????????????????????????????????????????
Astarte               ????????????????????????????????????????????????????????????
Neotrigonia           gggcagagcgattgcctttatttttatgggctgtatgtgtgactgctattttattagtga
Mut_rostrata          tggctgaacggatccctttgtttgtttgggctgttgctatcacagctgttttattggtgg
Mut_dubia             tggctgaacgaattcctttatttgtttgggctgttgctatcacagctgttttgttagtag
Chamb_wahlbergi       ????????????????????????????????????????????????????????????
Asp_rugifera          ????????????????????????????????????????????????????????????
Ano_trigonus          tagcggagcgggttcctttatttgtttgggctgttgttgtaacagcgattttgttggtag
Ano_guanarensis       tggcggagcgagttcctttatttgtttgggctgttgttgtaacagcgattttgttggtgg
Mon_minuana           tggcagagcgtattcccttgtttgtttgggcagtggttgtgactgcggtgttgttggtag
Eth_elliptica         tagctgaccggattccgttgtttgtntgggcggtggcggttactgctgtaatgttggtag
Aco_rivoli            cggctgagcgggttcctttgtttgtttgagcggtgattgttaccgctgttttgttggtgn
Pse_dalyi             ttgctgagcgaattccgttgtttgtgtgaagggttactgtaacggctgttatgttggtag
Pse_dalyi_x           ????????????????????????????????????????????????????????????
Hyr_depressa          ttgctgaacgtattcctttgtttgtatgggctgttacggtaacagctattttgttggttg
Hyr_australis         tagctgagcgaattccattgtttgtgtgggctgtgacggtgacagcagtactattagttg
Hyr_menziesi_1        tcgctgagcggattcctttgtttgtgtggagtgttacggtaacggccattttgttggttg
Hyr_menziesi_2        tcgctgagcggattcctttgtttgtgtggagtgttacggtaacggccattttgttggttg
Vel_angasi            tggctgagcggattcctttatttgtgtgggctgttagggtgacagctgtgctgttggtag
Vel_ambiguus          tggctgagcgtattcctttgtttgtatgagctgttacggtgacagctgtattgttagtgg
Lor_rugata            tggctgagcggattcctttgtttgtgtgggctgttagagtgacagctgtattattggtgg
Dipl_chilensis        ttgctgaacgtattcctttatttatttgggctgttaccgtgactgctgtgtnactggtgg
Dipl_deceptus         ttgctgagcgtattcctttatttatttgggctgttactgtaacagctgtattgttagtgg
Castalia              ttggtgaacgtattcctctttttgtttgggctgttgctgtgacggctgttttacttgtgg
Mar_margaritifera     ttgctgagcgaattcctttgttcgtgtgagctgttacggtgacggctattttgttagtgg
Cum_monodonta         tggctgagcggattcctttgtttgtgtgggctgttacgattacggcagttttgctagtgg
Coel_aegyptiaca       tggctgaacgaattcctttgtttgtgtgaagggttactgttactgctgttttgctagtgg
Coel_aegyptiaca_x     ????????????????????????????????????????????????????????????    
Pilsbry_exilis        ????????????????????????????????????????????????????????????
Pse_vondembusch       ????????????????????????????????????????????????????????????
Con_contradens        ttgctgagcgaattcctttgtttgtatgggctgttactgtaacagcaattttgttggttg
Gon_angulata          ttgctgagcggattcctttgtttgtgtgggctgtgactgtgacggcagttttattggttg
Trit_verrucosa        tggctgagcgaattcctttgtttgtgtgggcggttactattactgcagttttgttggttg
Qua_quadrula          tggctgagcggattcctttgtttgtatgagctgttacagtaacagcagttttattggttg
Amb_plicata           ttgctgagcgaattccgttgtttgtatgggctgttacggtaacggctgttttgttggttg
Ell_dilatata          ttgctgagcggattccgttatttgtctgggctgtgacggtaacagcggttttgttggttg
Ple_coccineum         ttgctgagcgaattccgttattcgtatgggctgtaacagtaacagcggttttgttggttg
Fus_flava             ttgctgagcgaattccgttgttcgtgtgggctgtaacggtaacggcggttttgttggttg
Obl_reflexa           tggctgaacgaattcctttgtttgtgtgggcggttacggtaactgcggtgttgttggttg
Obl_reflexa_x         ????????????????????????????????????????????????????????????
Tru_truncata          ttgctgagcgaattcctttgtttgtgtggggtgttactgtgacagctgttatattaattg
Act_carinata          ttgctgagcggattccgttgtttgtgtgggctgttacagtaacagcggttttgttggttg
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Vill_iris             ttgctgaacggattccgttgtttgtgtgggctgttacagtaacagccgttttgttggttg
Lig_recta             ttgctgagcgaattccactgtttgtgtgggctgttacagtaacggcggttttgttggttg
Lamp_cardium          ttgctgagcggattccgttgtttgtatgggctgttaccgtgacagcggttttattggttg
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[                     541......|.........|.........|.........|.........|.........|  ]

Mytilus               ????????????????????????????????????????????????????????????
Astarte               ????????????????????????????????????????????????????????????
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[                     601......|.........|.........|.........|.........|.........|  ]

Mytilus               ??????????????????????????????????????????????????
Astarte               ??????????????????????????????????????????????????
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[                     THE 28S SEQUENCES BEGIN HERE!!!!                              ]

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Mytilus               ttagaggtaaacgggtggatccgcaaa---gtcggcccggggaattcaacttg-tcgttg
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Unio_pictorum         ttagaggcaaacgggtggacccgcaat-acgtcgacccgggggattcaaccaggccgtt-
Caf_caffra            ttagaggcaaacgggtggacccgcaat-acgtcgacccgggggattcaaccaggccgtt-

[                     61.......|.........|.........|.........|.........|.........|  ]

Mytilus               tcgggcggcgggc-gttctggttct-agggatccgt-aaagacc-cacca-ggc-gttcg
Astarte               ----acatgagcgtgtggtggatc--gcggatccgt-aaagaccgcact---actgcgcg
Neotrigonia           --gtacgggacga-gcgggggcaattgcggag-tcgcaaggcccgtgtcttcgtt-cgct
Mut_rostrata          ????????????????????????????????????????????????????????????
Mut_dubia             ????????????????????????????????????????????????????????????
Chamb_wahlbergi       ????????????????????????????????????????????????????????????
Asp_rugifera          ????????????????????????????????????????????????????????????
Ano_trigonus          ????????????????????????????????????????????????????????????
Ano_guanarensis       ????????????????????????????????????????????????????????????
Mon_minuana           ????????????????????????????????????????????????????????????
Eth_elliptica         ????????????????????????????????????????????????????????????
Aco_rivoli            ????????????????????????????????????????????????????????????
Pse_dalyi             ????????????????????????????????????????????????????????????
Pse_dalyi_x           ????????????????????????????????????????????????????????????
Hyr_depressa          ----ccgggacgc-gctggggcg---tcggagccgc-aaggcccgcgcctcggcgtccgg
Hyr_australis         ----ctgggacgc-gctggggcg---tcggagccgc-aaggcccgcgcctcggagtccgg
Hyr_menziesi_1        ----ctgggacgc-gctggggtg---ccggagccgccaaggcccgctcctcggcgtccgg
Hyr_menziesi_2        ????????????????????????????????????????????????????????????
Vel_angasi            ????????????????????????????????????????????????????????????
Vel_ambiguus          ----gcgggacgc-gccggagtg---gcggagctgccaaagcccgcccgtcggcgttcgg
Lor_rugata            ????????????????????????????????????????????????????????????
Dipl_chilensis        ----ccgggacgc-gctggggcg---tcggagccgc-aaggcccgcacctcggcgtctgg
Dipl_deceptus         ????????????????????????????????????????????????????????????
Castalia              ----ccgggacgc-gctggggcg---tcggagtcgc-aaggcccgcacctcggcgtccgg
Mar_margaritifera     ????????????????????????????????????????????????????????????
Cum_monodonta         --gcacgggacgatgctgggataattgcggagcttccaaagcccgtttctcggcgt-cgg
Coel_aegyptiaca       ????????????????????????????????????????????????????????????
Coel_aegyptiaca_x     ????????????????????????????????????????????????????????????    
Pilsbry_exilis        gcgcacgggacgc-gctggggttat-gcggagctgt-aaagcccgtgccttggcg-tggg
Pse_vondembusch       acgcacgggacgc-gctggggttat-gcggagccgt-aaagcccgtgccttggcg-tggg
Con_contradens        acgttcgggacgc-gcgggggactatgcggagctgt-aaagcccgtgccttcgcc-gtgg
Gon_angulata          gcgatcgggacgc-gtgggggttat-gcggagctgt-aaagcccgtgcctttgcg-tggg
Trit_verrucosa        -cgttcgggacgc-gtgggggttat-gcggagctgt-aaagcccgtgcctctgcg-cagg
Qua_quadrula          -cgttcgggacgc-gtgggggttat-gcggagctgt-aaagcccgtgcctctgcg-cagg
Amb_plicata           -cgttcgggacgc-gtgggggttat-gcggagctgt-aaagcccgtgcctttgcg-tagg
Ell_dilatata          -cgttcgggacgc-gtgggggttat-gcggagctgt-aaagcccgtgcctctgcgtcagg
Ple_coccineum         -cgttcgggacgc-gtgggggttat-gcggagctgt-aaagcccgtgcctttgcg-tagg
Fus_flava             ????????????????????????????????????????????????????????????
Obl_reflexa           -cgttcgggacgc-gtgggggtttt-gcggagctgt-aaagcccgtgccttcgcg-cagg
Obl_reflexa_x         -cgttcgggacgc-gtgggggtttt-gcggagctgt-aaagcccgtgccttcgcg-cagg
Act_carinata          -cgttcgggacgc-gtgggggttt--gcggagctgt-aaagcccgtgccttcgcg-cagg
Tru_truncata          -cgttcgggacgc-gtgggggttat-gcggagctgt-aaagcccgtgcctttgcg-cagg
Ptycho_fasciolaris    -cgttcgggacgc-gtgggggttat-gcggagctgt-aaagcccgtgcctctgcg-cagg
Lig_recta             -cgttcgggacgc-gtgggggtcat-gcggagctgt-aaagcccgtgcctttgcg-cagg
Vill_iris             -cgttcgggacgc-gtgggggttct-gcggagctgt-aaagcccgtgcctctgcg-cagg
Lamp_cardium          -cgttcgggacgc-gtgggggttac-gcggagctgt-aaagcccgtgcctttgcg-cagg
Epi_triquetra         -cgttcgggacgc-gtgggggttct-gcggagctgt-aaagcccgtgcctttgcg-cagg
Las_compressa         gggaacgggacgc-gtggaggtttt-gctgagctgt-aaagccagtgccttcgcg-tggg
Str_undulatus         gggcacgggacgc-gtgggggtttt-gctgagctgt-aaagccagtgcctttgcg-tggg
Pyg_grandis           gggcgcgggacgc-gtgggggcttt-gctgagctgt-aaagccagtgccttcgcg-tggg
Ala_marginata         gggcacgggacgc-gtgggggtttt-gctgagctgt-aaagccagtgccttcgcg-tggg
Unio_pictorum         gggtacgggacgc-gtgggggttat-gctgagctgt-aaagccagtgccttcgcg-tgg-
Caf_caffra            gggtacgggacgc-gtggtggttat-gctgagctgt-aaagccagtgccttcgcg-tgg-

[                     121......|.........|.........|.........|.........|.........|  ]

Mytilus               gccgtcgtcgac-gagtgcactttcctcgggtagagcgccacgaccggtttcggacggcg
Astarte               gctcttgccggc-gagcgcactttctccgggttgagtgccacgaccggttctg--cggcg
Neotrigonia           tctccgaacggtctggtgcactttctccgggccgagcgccacgaccggctcgca-cgacg
Mut_rostrata          ????????????????????????????????????????????????????????????
Mut_dubia             ????????????????????????????????????????????????????????????
Chamb_wahlbergi       ????????????????????????????????????????????????????????????
Asp_rugifera          ????????????????????????????????????????????????????????????
Ano_trigonus          ????????????????????????????????????????????????????????????
Ano_guanarensis       ????????????????????????????????????????????????????????????
Mon_minuana           ????????????????????????????????????????????????????????????
Eth_elliptica         ????????????????????????????????????????????????????????????
Aco_rivoli            ????????????????????????????????????????????????????????????
Pse_dalyi             ????????????????????????????????????????????????????????????
Pse_dalyi_x           ????????????????????????????????????????????????????????????
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Vel_angasi            ????????????????????????????????????????????????????????????
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Dipl_deceptus         ????????????????????????????????????????????????????????????
Castalia              tctctggttggt-tggtgcactttcctcgtgtcgaatgccacgaccgattctc--tggcg
Mar_margaritifera     ????????????????????????????????????????????????????????????
Cum_monodonta         tctccggtcggtctggtgcattttcttcgagtcgagagccacgaccggctctt--tggcg
Coel_aegyptiaca       ????????????????????????????????????????????????????????????
Coel_aegyptiaca_x     ????????????????????????????????????????????????????????????    
Pilsbry_exilis        tcaccgggcggcctggtgcactttcctcgggtcgattgccacggccggctctcc-gtgcg
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Fus_flava             ????????????????????????????????????????????????????????????
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[                     181......|.........|.........|.........|.........|.........|  ]

Mytilus               gtcacaagcc-g--gacgggaaggtgacctgacatcct---------------------c
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Mut_dubia             ????????????????????????????????????????????????????????????
Chamb_wahlbergi       ????????????????????????????????????????????????????????????
Asp_rugifera          ????????????????????????????????????????????????????????????
Ano_trigonus          ????????????????????????????????????????????????????????????
Ano_guanarensis       ????????????????????????????????????????????????????????????
Mon_minuana           ????????????????????????????????????????????????????????????
Eth_elliptica         ????????????????????????????????????????????????????????????
Aco_rivoli            ????????????????????????????????????????????????????????????
Pse_dalyi             ????????????????????????????????????????????????????????????
Pse_dalyi_x           ????????????????????????????????????????????????????????????
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Vel_angasi            ????????????????????????????????????????????????????????????
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[                     241......|.........|.........|.........|.........|.........|  ]

Mytilus               gtggtggccaggtgttatagcccgtctagt--gtcg-actcgtcccgagaccgaggattt
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Mon_minuana           ????????????????????????????????????????????????????????????
Eth_elliptica         ????????????????????????????????????????????????????????????
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Mar_margaritifera     ????????????????????????????????????????????????????????????
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Coel_aegyptiaca       ????????????????????????????????????????????????????????????
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[                     301......|.........|.........|.........|.........|.........|  ]

Mytilus               --------gccgcacctcgactgctctc-ggctctctgcgtgcgt-tcgactgggaagcc
Astarte               --------gccgtgtccta-tcgcc-tcgggccgtccgcgttggt-tcgacctggttgg-
Neotrigonia           tt--ttctgccgtgtctca-tcgctttcgggccatccgttcacgtccgactcgggatgt-
Mut_rostrata          ????????????????????????????????????????????????????????????
Mut_dubia             ????????????????????????????????????????????????????????????
Chamb_wahlbergi       ????????????????????????????????????????????????????????????
Asp_rugifera          ????????????????????????????????????????????????????????????
Ano_trigonus          ????????????????????????????????????????????????????????????
Ano_guanarensis       ????????????????????????????????????????????????????????????
Mon_minuana           ????????????????????????????????????????????????????????????
Eth_elliptica         ????????????????????????????????????????????????????????????
Aco_rivoli            ????????????????????????????????????????????????????????????
Pse_dalyi             ????????????????????????????????????????????????????????????
Pse_dalyi_x           ????????????????????????????????????????????????????????????
Hyr_depressa          t-------gccgcgtctca-tcgcctccgagccatcttcgttcgtttcgactggggtgg-
Hyr_australis         t-------gccgcgtctca-tcgcctccgggccatctgcgttcgtttcgactggggtgg-
Hyr_menziesi_1        t-------gccgcgtctca-tcgcctccgggccatccgggctcgt-tcgactggggtgg-
Hyr_menziesi_2        ????????????????????????????????????????????????????????????
Vel_angasi            ????????????????????????????????????????????????????????????
Vel_ambiguus          g--------ccgcgtctca-tcgtctctgggccatctgcgctcgtctcgactggggtgg-
Lor_rugata            ????????????????????????????????????????????????????????????
Dipl_chilensis        tt------gccgcgtctca-tcgcctccgggccatctgcgctcgtctcgactgggatgg-
Dipl_deceptus         ????????????????????????????????????????????????????????????
Castalia              tt------gccgcgtctca-tcacctccgggctatctgcgctcgtctcgactcggatgg-
Mar_margaritifera     ????????????????????????????????????????????????????????????
Cum_monodonta         aaagctttgccgcgactcg-tcgctctcgggccatccgcgctcgtcacgactggggtgg-
Coel_aegyptiaca       ????????????????????????????????????????????????????????????
Coel_aegyptiaca_x     ????????????????????????????????????????????????????????????    
Pilsbry_exilis        gt-----tgccgcgtccct-tcaccctctggccatccttgctcgtcacgactggggtga-
Pse_vondembusch       gt-----tgccgcgtccct-tcaccctctggtcatccttgctcgtcacgactggggtgg-
Con_contradens        -t-----tgccgcttctcgtccaccctcccgccatccttgctcgtcacgaccggggcgg-
Gon_angulata          -------tgccgtttctca-ccaccctctggccatccttgctcgtcacgactggggtga-
Trit_verrucosa        gt-----tgccgtttctcagccaccctccggccatccttgctcgtcacgactggggcga-
Qua_quadrula          gt-----tgccgtttctcagccaccctccggccatccttgctcgtcacgactggggcga-
Amb_plicata           gt-----tgccgtttctcagccaccctccggccatccttgctcgtcacgactggggtga-
Ell_dilatata          gt-----tgccgtttctcagccaccctccggccatccttgctcgtcacgactggggtga-
Ple_coccineum         gt-----tgccgtttctcagccaccctccggccatccttgctcgtcacgactggggtga-
Fus_flava             ????????????????????????????????????????????????????????????
Obl_reflexa           gt-----tgccgtttctcgtccaccctccggccatccttgctcgtcacgactggggtga-
Obl_reflexa_x         gt-----tgccgtttctcgtccaccctccggccatccttgctcgtcacgactggggtga-
Act_carinata          gt-----tgccgtttctcgtccaccctccggccatccttgctcgtcacgactggggtga-
Tru_truncata          gt-----tgccgtttctcgtccaccctccggccatccttgctcgtcacgactggggtga-
Ptycho_fasciolaris    gt-----tgccgtttctcgtccaccctccggccatccttgctcgtcacgactggggtga-
Lig_recta             gt-----tgccgtttctcgtccaccctccggccatccttgctcgtcacgactggggtga-
Vill_iris             gt-----tgccgtttctcgtccaccctccggccatccttgctcgtcacgactggggtga-
Lamp_cardium          gt-----tgccgtttctcgtccaccctccggccatccttgctcgtcacgactggggtga-
Epi_triquetra         gt-----tgccgtttctcgtccaccctccggccatccttgctcgtcacgactggggtga-
Las_compressa         gt-----tgccgcctctca-tcaccctccggccatccttgctcgtcacgactggggtgg-
Str_undulatus         gt-----tgccgcctctca-tcaccctccggccatccttgctcgtcacgactggggtga-
Pyg_grandis           gt-----tgccgcctctca-tcaccctccggccatccttgctcgtcacgactggggtgg-
Ala_marginata         gt-----tgccgcctctca-tcaccctccggccatccttgctcgtcacgactggggtgg-
Unio_pictorum         gt-----tgccgcctctca-tcaccctccggccatccttgctcgtcacgactggggtgt-
Caf_caffra            gt-----tgccgcctctca-tcaccctccggccatccttgctcgtcacgactgggttgg-

[                     361......|.........|.........|.........|.........|.........|  ]

Mytilus               actgct--tgcagttctctcc-gaccgcgtgcgt-gcgatctgtcgg-gaagcaacgggg
Astarte               actgctc-tgcagtgcatcct-gaccgccggcgt-ggaagggctcgt-acg-cg-cgggg
Neotrigonia           actgctc--gcagtgctctcg-gactgcgtgtgc-ggaagggttcgt-ctagcg-cgggg
Mut_rostrata          ????????????????????????????????????????????????????????????
Mut_dubia             ????????????????????????????????????????????????????????????
Chamb_wahlbergi       ????????????????????????????????????????????????????????????
Asp_rugifera          ????????????????????????????????????????????????????????????
Ano_trigonus          ????????????????????????????????????????????????????????????
Ano_guanarensis       ????????????????????????????????????????????????????????????
Mon_minuana           ????????????????????????????????????????????????????????????
Eth_elliptica         ????????????????????????????????????????????????????????????
Aco_rivoli            ????????????????????????????????????????????????????????????
Pse_dalyi             ????????????????????????????????????????????????????????????
Pse_dalyi_x           ????????????????????????????????????????????????????????????
Hyr_depressa          actgctc-gtcagtgctctcccgaccgcgagcgttggaagggttcgg-caggcg-cgagg
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Hyr_menziesi_2        ????????????????????????????????????????????????????????????
Vel_angasi            ????????????????????????????????????????????????????????????
Vel_ambiguus          actgctc-gtcagtgctctcccgaccgcgagcgtacgaagggttcgg-cgggcg-cgagg
Lor_rugata            ????????????????????????????????????????????????????????????
Dipl_chilensis        actgctc-gtcagtgctctcccgaccgctagtgttggaagggtttgg-caggcg-cgagg
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Castalia              actgctc-gtcagtgctctcccgaccgctagtgttggaagggtttgg-caggcg-cgagg
Mar_margaritifera     ????????????????????????????????????????????????????????????
Cum_monodonta         actgctc-gccagtgctctcccgaccgcgagcgt-ggaagggttcgttccggcg-tgagt
Coel_aegyptiaca       ????????????????????????????????????????????????????????????
Coel_aegyptiaca_x     ????????????????????????????????????????????????????????????    
Pilsbry_exilis        actggtccgtcagtgctctcccgaccgcgagcgtaggaagggccggt-acggtg-tggga
Pse_vondembusch       actgtcccgtcagtgctctcccgaccgcgagcgtaggaagggctggt-acggtg-tggga
Con_contradens        actggtcggtcagtgctctcccgaccgcgagcgtaggaagggcgggt-acggtg-cgaga
Gon_angulata          actgcttcgtcagtgctctcccgaccgcgagcgtaggaagggctggt-acggtg-cgaga
Trit_verrucosa        actgcttcgtcagtgctctcccgaccgcgagcgtaggaagggctggt-acggtg-cgaga
Qua_quadrula          actgcttcgtcagtgctctcccgaccgcgagcgtaggaagggctggt-acggtg-cgaga
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Ell_dilatata          actgcttcgtcagtgctctcccgaccgcgagcgtaggaagggctggt-acggtg-cgaga
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Fus_flava             ????????????????????????????????????????????????????????????
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Obl_reflexa_x         actgcttcgtcagtgctctcccgaccgcgagcgtaggaagggctggt-acggtg-cgaga
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[                     421......|.........|.........|.........|.........|.........|  ]

Mytilus               t---gccacgggtcagtggcgaatcggtcggtcctccacccgacccgtcttga
Astarte               c---gctacggatctgtggcgaatcggtcggccctccacccgacccgtcttga
Neotrigonia           c---accacgggccagtggcgaatcggtcggtcctccacccgacccgtcttga
Mut_rostrata          ?????????????????????????????????????????????????????
Mut_dubia             ?????????????????????????????????????????????????????
Chamb_wahlbergi       ?????????????????????????????????????????????????????
Asp_rugifera          ?????????????????????????????????????????????????????
Ano_trigonus          ?????????????????????????????????????????????????????
Ano_guanarensis       ?????????????????????????????????????????????????????
Mon_minuana           ?????????????????????????????????????????????????????
Eth_elliptica         ?????????????????????????????????????????????????????
Aco_rivoli            ?????????????????????????????????????????????????????
Pse_dalyi             ?????????????????????????????????????????????????????
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Mar_margaritifera     ?????????????????????????????????????????????????????
Cum_monodonta         c---gcttcgggcctgtggcgaatcggtcggtcacccacccgacccgtcttga
Coel_aegyptiaca       ?????????????????????????????????????????????????????
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Pilsbry_exilis        ctttgcttcgggccagtggcgaatcggtcggtccccccaccgaccctcttg??
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Lamp_cardium          a-a-gcttcgggccagtggcgaatcggtcggtcctccacccgacccgtcttga
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[                     THE MORPHOLOGICAL DATA BEGINS HERE!!!!                        ]

[                     1........|.........|.........|.........|.........|.........|  ]

Mytilus               01--1000-?0000-00000-0000001-0-110?10000?00-------0010-----
Astarte               120-0000-?0000-01001-0010001-0-000000101?00-------0000-----
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Mut_rostrata          00110000110000-010220111111102-2000000?1?111?-??10???111--1
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Mon_minuana           00110100210000-010220111110100-0000000?11111?-0?10???110--0
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Pse_dalyi_x           0?11011--00??11011???111?10100-000201001?11??-???????????-?
Hyr_depressa          00100000000100-010120111100112-0000000?1?111?-1000???10011-
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Hyr_menziesi_2        00100000000100-010120111100102-0000000?1?111?-1000??110011-
Vel_angasi            001000010?0000-010120111100112-0000000?1?111?-1000???10011-
Vel_ambiguus          00100000000000-0101201111?0112-0000000?1?111?-1000?1?1001?-
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Dipl_chilensis        00100000000100-010120111100102-0000000010111?-1000?1?1001?-
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Cum_monodonta         00110000201000-0100201000200-0-0000000110110?00--0???10000-
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Pilsbry_exilis        001100000?0000-0101201100200-10000000001?110?000?0???1000?-
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Ple_coccineum         00100000000000-0102201100200-11010000001011200-000???10001-
Fus_flava             00100000010000-0102201100200-110100000?1?110000000??110001-
Obl_reflexa           00100000010040-0102201100200-100000000?1?11201-012???10001-
Obl_reflexa_x         00100000010040-0102201100200-100000000?1?11201-012???10001-
Tru_truncata          00100000000000-0102201110200-100000000?1?11211-0121??1000?-
Act_carinata          00100000000200-0102201110200-10000000001011211-012??110000-
Ptycho_fasciolaris    00100000010000-0102201100200-100000000?1?11211-002???10001-
Vill_iris             00100000000200-1102201110200-100010000?1?11211-012???1000?-
Lig_recta             00100000000200-1102201110200-10001000001011211-012?111000?-
Lamp_cardium          00100000000200-1102201110200-100010000?1?11211-0121??10001-
Epi_triquetra         00100000010000-1102201110200-100010000?1?11211-012???1000?-
Las_compressa         00110000200200-0102201100200-100000000?1?11210-1011??10020-
Str_undulatus         00110000000000-0102201110200-10000000001011210-101???10021-
Pyg_grandis           001100000?0200-0102201100200-10000000001011210-1011?110020-
Ala_marginata         00110000200000-0102201110200-100000000?1?11210-101???10020-
Unio_pictorum         00100000200200-0101201100200-10000000001011200-000?1?1002?-
Caf_caffra            00100000200200-0101201100200-100000000?1?11200-000???1002?-
;
END;

BEGIN SETS;
     CHARSET  COI = 1-650;
	 CHARSET  28S = 651-1123;
	 CHARSET  molecules = 1-1123;
	 CHARSET  morphology = 1124-1182;
	 CHARSET  shell = 1124-1139;
	 CHARSET  ctenidia = 1140-1149;
	 CHARSET  mantle = 1150-1157;
	 CHARSET  other_anatomy = 1158-1164;
	 CHARSET  life_history = 1165-1176;
	 CHARSET  larvae = 1177-1182;
	 CHARPARTITION COI_28S = 1:COI, 2:28S;
	 CHARPARTITION COI_morph = 1:COI, 2:morphology;
	 CHARPARTITION 28S_morph = 1:28S, 2:morphology;
	 
	 TAXSET   outgroup = Mytilus Astarte;
	 TAXSET   problematic = Pse_dalyi Coel_aegyptiaca Obl_reflexa;
	 TAXSET   morph_optional = Pse_dalyi_x Obl_reflexa_x Coel_aegyptiaca_x;
	 TAXSET   no_COI = Mytilus Astarte Chamb_wahlbergi Asp_rugifera
	                   Pilsbry_exilis Pse_vondembusch
					   Pse_dalyi_x Obl_reflexa_x Coel_aegyptiaca_x;
	 TAXSET   no_28S = Mut_rostrata Mut_dubia Chamb_wahlbergi Asp_rugifera
	                   Ano_trigonus Ano_guanarensis Mon_minuana Eth_elliptica
					   Aco_rivoli Pse_dalyi Hyr_menziesi_2 Vel_angasi
					   Lor_rugata Dipl_deceptus Mar_margaritifera
					   Coel_aegyptiaca Fus_flava
					   Pse_dalyi_x Obl_reflexa_x Coel_aegyptiaca_x;
	 TAXSET   no_molecules = Chamb_wahlbergi Asp_rugifera Pse_dalyi_x
	                         Coel_aegyptiaca_x;
END;

BEGIN CODONS;
	CODONPOSSET * CodonPositions = 
		1: 3-648\3, 
		2: 1-649\3, 
		3: 2-650\3 650;
	CODESET  * UNTITLED = Universal: all ;
END;


[SEQUENCE MONKEY v. 2.9.0 -- Got Monkey?]
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